フレックスタイム制において、実際に労働した時間が清算期間における総労働時間として定められた時間に比べて過不足が生じた場合には、当該清算期間内で労働時間及び賃金を清算することがフレックスタイム制の本来の趣旨であると考えるが、それを次の清算期間に繰り越すことの可否は次によるものであること。

1. 　清算期間における実際の労働時間に過剰があった場合に、総労働時間として定められた時間分はその期間の賃金支払日に支払うが、それを超えて労働した時間分を次の清算期間中の総労働時間の一部に充当することは、その清算期間内における労働の対価の一部がその期間の賃金支払日に支払われないことになり、法第24条※1に違反し、許されないものであること。
2. 　清算期間における実際の労働時間に不足があった場合に、総労働時間として定められた時間分はその期間の賃金支払日に支払うが、それに達しない時間分を、次の清算期間中の総労働時間に上積みして労働させることは、法定労働時間の総枠の範囲内である限り、その清算期間においては実際の労働時間に対する賃金よりも多く賃金を支払い、次の清算期間でその分の賃金の過払いを清算するものと考えられ、法第24条に違反するものではないこと。

　​なお、清算期間が1か月を超える場合においては、清算期間を1か月ごとに区分した期間のうち、最終の期間に係る賃金を計算する際に、当該清算期間を通じた実際の労働時間（法定の時間外労働として算定された時間を除く）と、当該上積みされた総労働時間の差に応じて、賃金額を調整することとなる。

（昭63.1.1 基発1号、平31.4.1 基発0401第43号）

『労働基準法解釈総覧【改訂16版】』 労働調査会

2022.02.21 掲載

※1.労働基準法第24条　（賃金の支払）

　賃金は、通貨で、直接労働者に、その全額を支払わなければならない。ただし、法令若しくは労働協約に別段の定めがある場合又は厚生労働省令で定める賃金について確実な支払の方法で厚生労働省令で定めるものによる場合においては、通貨以外のもので支払い、また、法令に別段の定めがある場合又は当該事業場の労働者の過半数で組織する労働組合があるときはその労働組合、労働者の過半数で組織する労働組合がないときは労働者の過半数を代表する者との書面による協定がある場合においては、賃金の一部を控除して支払うことができる。

②　賃金は、毎月一回以上、一定の期日を定めて支払わなければならない。ただし、臨時に支払われる賃金、賞与その他これに準ずるもので厚生労働省令で定める賃金（第八十九条において「臨時の賃金等」という。）については、この限りでない。