こちらのページにも記載している通り、1ヶ月単位の変形労働時間制を採用した場合の割増賃金の支払が必要な時間外労働となる時間は以下の3つの時間になります。

　このように日、週単位については就業規則上で法定労働時間を超える時間を定めている日、週はその時間、定めていない場合は日は8時間、週は40時間（44時間）を超えた部分、月単位では対象の期間における法定労働時間の総枠を超えた労働時間が時間外労働に該当してきます。

　よって、設問や通達の通りあらかじめ法定労働時間を超えて労働できる日、週を定めている場合については、8時間や40時間（44時間）を超えて労働していたとしても定めている時間を超えなければ割増賃金の支払義務は発生いたしません。